Alors qu'Anpanman se balade à travers les nuages, il découvre une école de magie où il rencontre Lyrica. La jeune sorcière est en apprentissage mais elle a bien du mal à utiliser sa magie, contrairement à ses camarades. Grâce à Anpanman, elle va se faire de nouveaux amis et les aider à combattre Baikinman, qui en a cette fois après le grimoire magique de l'école !