Les combats menés par Atsushi Nakajima et Ryûnosuke Akutagawa contre Francis F. ont mis fin à la grande guerre contre la Guilde. Ensemble, ils ont sauvé la ville de la ruine et une trêve a été établie entre l'Agence des détectives armés et la mafia portuaire. La vie reprend son cours à Yokohama mais des rumeurs laissent penser que d'autres organisations criminelles arriveraient de l'étranger. Pendant ce temps, Fiodor D. attend son heure...