Le professeur principal de la classe E-3 est bien décidé à détruire la Terre en mars prochain. Pour protéger la planète (et pour empocher la modique somme de 10 milliards de Yen) les élèves n'ont d’autres choix que d’accepter la lourde tâche d’éliminer Koro Sensei, la créature à tête ronde jaune, hybride entre le poulpe et l’alien. Arriveront-ils à venir à bout du professeur avant la fin de l'année ?