La Cité académique rassemble des étudiants dotés de pouvoirs extrasensoriels. Parmi eux, Tôma a du mal à trouver sa place car il dispose d'un don lui permettant… d’annuler celui des autres ! De plus, ce don lui cause une poisse inépuisable. Un jour, il croise la route d'Index, une jeune nonne ayant mémorisé 103 000 grimoires interdits. Pourchassée à cause de ses connaissances, elle est sauvée par Tôma qui n'imaginait pas se retrouver impliqué dans un immense complot…